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苹果手机查询已删除的短信，可以通过以下方式。
1、iTunes备份恢复：如果之前有使用iTunes备份手机数据，可以通过iTunes备份恢复已删除的短信，具体步骤包括打开iTunes，找到【恢复iTunes备份】，选择之前备份的文件进行恢复，恢复完成后，可以在短信应用中找到恢复的短信。
2、专业数据软件恢复：如果没有使用iTunes备份，可以尝试使用数据恢复软件如开心手机恢复大师等，来扫描并恢复手机数据，安装并运行软件后，选择【通过设备扫描恢复】模式，点击【短信】图标进行扫描，扫描完成后，可以预览并勾选需要恢复的短信进行恢复。
3、iCloud备份恢复：如果开启了iCloud备份，并且删除短信前已经备份，那么可以通过iCloud备份恢复已删除的短信，具体步骤包括打开苹果手机设置，点击【通用】，选择【还原】，再选择【从iCloud备份恢复】，登录Apple ID后选择相应的备份进行恢复。
需要注意的是，以上方法不能保证一定可以恢复所有已删除的短信，因为已删除的短信是否被彻底清除取决于多种因素，为了避免数据丢失，建议定期备份手机数据。